1.教學資源：
本系除了系館並設有溫室與網室，除了一般教室外，並有會議廳，視廳教室、實驗室、標本室、組織培養室、暗室以及試驗農場二十餘公頃，供給師生教學研究之用。研究室除了一些基本儀器外，並有顯微鏡、高效能色層分析儀、氣體色層分析儀、高速冷凍切片機、葉面積測定儀、原子吸光光譜儀、PCR、雜和箱及核酸定序電泳等精密儀器，農場有曳引機、插秧機、脫粒機及播種機等，本系近幾年的研究生人數增加頗多，充實設備以及加強師資水準乃為本系所未來的工作重點。
2.學習資源：
本系所座落於作物科學大樓，與園藝學系各使用一半之空間，農藝系位於左棟包含8樓層，一樓為各年級教室、系學會及教師休息室，4樓為系辦公室、退休教授室及會議室。其他樓層分屬各教師之研究室及實驗室，配置方式均相同。各年級教室均已全面e化，配備有高流明之液晶投影機及螢幕，以提升教學成效與品質。各專業實驗室由任課教師負責保管及維護，亦提供由相關科目教師輪流使用，空間及設備充分發揮其效益。大小視聽教室2間，其中大視聽教室位於一樓可容納師生約250人，分由農園藝系共同使用，小視聽教室位於三樓可容納約60人，由農藝系所使用，提供作為會議及日常上課教學之用，全系之教學空間上均能充分運用，視聽設備隨時提供發揮效益。本系主要儀器設備分別設置於系上每位教師之實驗室，供教學及研究使用。本系於六樓成立組織培養室及中草藥分析室，於七樓則設立分子遺傳及生物技術實驗室，由教育部補助及本校自籌款添購多項儀器設備，專供中草藥及生物技術相關課程使用，提昇本系教學研究效能。